UIN Sumatera Utara menjadi salah satu lembaga pendidikan agama Islam pertama yang secara serius mengembangkan kajian ekonomi Islam sejak tahun 1990 yang pada saat itu masih bernama IAIN Sumatera Utara. Keterlibatan UIN Sumatera Utara secara langsung dalam pengembangan ekonomi Islam di Sumatera Utara diawali dengan pendirian Forum Kajian Ekonomi dan Bank Islam disingkat FKEBI atas gagasan sejumlah pakar di Medan dan Dr. M. Yasir Nasution memimpin lembaga ini di kampus UIN Sumatera Utara. Pada tanggal 25 – 28 Oktober 1993 FKEBI IAIN SU melaksanakan Seminar dan Workshop Ekonomi Islam pertama bekerja sama dengan Internasional Islamic University Malaysia (IIUM) Malaysia dan Sumatera Utara, Kefahaman Islam Malaysia (IKIM) Malaysia, yang menghasilkan tiga rancangan konseptual. Pertama, berkenaan dengan kurikulum dan pemasyarakatan ilmu ekonomi Islam dalam kerangka pembukaan Fakultas Ekonomi Islam. Kedua, tentang pendirian lembaga-lembaga keuangan dan ketiga, membangun kerjasama antar lembaga.
Kegiatan kajian ekonomi ini kemudian diikuti dengan berbagai seminar baik secara Nasional maupun Internasional. Respon positif masyarakat terhadap berbagai kajian tersebut menjadi dasar bagi UIN Sumatera Utara untuk membuka program studi D2 dan D3 Manajemen Perbankan Keuangan Syariah pada tahun 2011. Dilanjutkan dengan pembukaan prodi Ekonomi Islam pada Tahun 2003. Pada tahun 2014 dengan wider mandate yang diberikan Kementerian Agama, IAIN SU kemudian bertransformasi menjadi UIN Sumatera Utara membuka Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam.
Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI) UIN SU sebagai lembaga pendidikan memiliki tanggung jawab yang besar terkait peningkatan keilmuan Ekonomi Islam, menyiapkan tenaga-tenaga praktis yang bisa bekerja di industri keuangan syari’ah dan menyiapkan ahli yang diharapkan dapat membangun dan mengembangkan sisi keilmuan ekonomi syari’ah. Untuk menyahuti hal itu, telah dilakukan berbagai upaya dan atas berkat doa semua civitas akademika, Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam diresmikan pada tanggal 14 Desember 2013 di UIN Alauddin Makasar oleh Menteri Agama. Konsentrasi Akuntansi Syariah diresmikan pada tanggal 24 September 2014 Nomor 5366 tahun 2014 dan alih status menjadi Program Studi pada tanggal 4 Nopember 2014 Nomor 232 Tahun 2014.